المعالجة الثانوية يقوم مبدأ المُعالجة الثّانوية للمياه العادمة على الاعتماد على الكائنات الحيّة الدقيقة الهوائيّة في تحليل المواد العضويّة الصّلبة إلى مواد غير عضويّة صلبة وثابتة عن طريق التحلّل البيوكيميائي، ويُستخدم لذلك أربعة وسائل مُختلفة هي: مرشّحات التقطير المزوّدة بخزّانات ترسيب ثانويّة، الحمأة المُحفزَة، المرشحات الرمليّة المتناوبة، وبرك التثبيت.[٢]
الكلورة تنطوي هذه العمليّة من عمليّات مُعالجة المياه العادة على استخدام الكلور كمطهّر ومُعقّم للمياه من مُسبّبات الأمراض، إلى جانب كونه مُساعداً على التحكّم في رائحة المياه ومنع تحلّل مياه الصّرف الصّحي، ويعمل كذلك كعنصر مُساعد في عمليات محطّات معالجة المياه المُختلفة، كالتّرسيب ومرشحات التّنقيط وغيرها، ولكن نظراً لسميّة الكلور ومركّباته فإن الاستخدام القادم لعنصر التطهير سيكون الأوزون.[٢] المعالجة الثلاثية عند عدم كفاية المعالجة الثّانويّة للمياه المُستعملة فإن المُعالجة الثّلاثية تُستخدم لإتمام المهمّة، وتقوم هذه المُعالجة على استخدام المرشحات الحبيبيّة لإزالة المواد الصّلبة العالقة والحمل الأوكسجيني وما إلى ذلك مما لا زال عالقاً بعد العملية الثانوية، وتشبه بذلك عملية الترشح المنزليّة لمياه الشّرب، ومن جهة أخرى يُمكن اعتماد طرق معالجة ثلاثيّة أخرى تُفيد في التخلّص من المغذّيات الموجودة في المياه كالنّيتروجين والفوسفور وفق عمليّات معينة تُحدّد حسب الحاجة والتكلفة الّتي يمكن تغطيتها، إلى جانب الظّروف الجويّة الموجودة، بالإضافة لغير ذلك من العمليّات.[٣]